Не понял, ничего не делать или как-то сделать? :)

А как тогда предлагаете? Может схематично накидаете?

Не понятно, вы хотите чтобы мы хранили папку и подставляли ее в диалог Сохранить копию в MapInfo? Сразу скажу - это невозможно. Этим диалогом управляет только MapInfo, внешним программам он недоступен.

Проблема не надумана? Временный слой добавляется всегда первым после косметического. Потом конечно за его перемещениями Инструментарий уже не следит. Запретить перемещать в Управлении слоями невозможно, можно отслеживать такие действия и восстанавливать позицию слоя. Но все-таки - проблема реальна? Я не могу себе представить ситуацию, при которой слой становится не вторым, только если это пользователь сам не сделал. А если он сам это сделал, то наверное хотел этого?